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目前，于云江担任上海交通大学讲席教授、博士生导师，他还是中国环境科学学会环境风险专业委员会主任、生态环境部环境污染健康风险评价重点实验室主任、Hygiene and Environmental Health Advances主编、Environment international和Environmental Polllution编委；为全国创新争先奖状获得者、杰出工程师奖获得者、国家环境保护专业技术领军人才、中国环境科学学会首届会士、国务院政府特殊津贴专家和“广东特支计划”杰出人才（南粤百杰）。

他主持国家重点研发计划项目、国家自然科学基金重点项目等国家和省部级科研项目40余项。作为“全国重点地区环境与健康专项调查”总体技术组组长，历时数年，组织完成了全国性环境污染对人群健康影响的基线调查；制定发布了环境健康调查-监测-风险管控系列技术规范（指南）27项，在Lancet子刊、Nature子刊、EHP、ES&T等国内外期刊发表学术论文380余篇，出版专著12部，获国家授权专利100项；获省部级以上科学技术奖12项巴龙，其中以第一完成人获国家科学技术进步奖二等奖2项。